水电水利规划设计总院的前身是能源、水利两部共管的水利水电规划设计总院（简称水电总院）。水电总院早的历史可溯到1953年燃料工业部成立水电建设总局、水利部成立设计局，主要对全国水利水电勘测设计前期工作进行归口管理，其后历经改组演变，到1988年正式命名为能源部、水利部水利水电规划设计总院，系两部共管的事业单位，当时水电总院下辖北京、成都、贵阳、华东、昆明、上海、西北和中南8个部属勘测设计院，对水利部流域机构所属单位和31个属水利水电勘测设计院实行行业管理和业务指导，并代部对主要的河流规划、大中型水利水电工程的可研和初步设计等进行审查。
1993年电力工业部成立后，经电力、水利两部协商决定，原水电总院按两部隶属关系分开。1995年2月9日，电力部以电人教[1995]74号文《关于成立电力工业部水电水利规划设计总院（电力工业部水电水利规划设计管理局）的批复》，正式宣布成立电力工业部水电水利规划设计总院（简称水电总院）。水电总院同时挂有“电力工业部水电水利规划设计管理局”（以下简称水规局）的牌子，属全额拔款的事业单位，主要职责是参与编制水电水利及风电长远发展规划，制订和部署前期工作计划；代部组织预审河流规划和风电规划报告，负责审查部管大中型水电水利和风电工作预可行性研究和可行性研究(原初步设计)；组织编制和审查水电水利、风电勘测设计技术标准和定额；归口领导部属勘测设计院，并对全国水电水利和风电勘测设计单位实行行业管理等。
1996年国家电力公司成立后，原电力工业部水电水利规划设计总院更名为国家电力公司水电水利规划设计总院。2002年电力体制改革中，国家电力公司撤销，水电水利规划设计总院作为国务院批准的事业单位，成为中国水电工程顾问集团公司所属事业单位。
水电水利规划设计总院经国务院批准的主要职责是：为国家水电水利风电提供规划设计服务。河流（河段）水电和风电规划及蓄能电站选点规划组织与审查、水电站和蓄能电站设计审查、工程和水库淹没补偿概算审查、在建水电项目重大设计变更审查、水电站初期蓄水和竣工前安全鉴定与验收及大坝运行安全定检、水电和风电工程设计概算编制办法和定额修编与审查、水电工程设计规程规范和技术标准修编和审查。
作为全国唯一承担水电、风电前期工作管理的事业单位，水电水利规划设计总院承担着国家发展改革委委托的多项工作，并以水电、风电专业配备齐全的高级技术人才队伍为支撑，在水电、风电建设领域发挥着不可替代的作用，为中国水电、风电事业的兴旺发达做出了重大贡献。
为落实国家对水电建设项目安全卫生预评价工作的要求，水电水利规划设计总院于2001年发出了“转发国家安全生产监督管理局《关于进一步加强建设项目（工程）劳动安全卫生预评价工作的通知》的通知”（水电规设[2001]0026号），提出了水电建设项目安全卫生预评价、竣工验收评价等各阶段的安全卫生评价工作方法、内容和具体要求。
2003年5月,水电水利行业发布了《水电水利建设项目（工程）安全卫生评价工作管理规定》,对全国水电水利行安全卫生评价工作起到了积极有效的推动作用。迄今为止,在全国水电水利行业安全卫生评价实施情况良好，已先后有四十多座大中型水电站安全卫生预评价报告通过了水电水利规划设计总院组织的专家评审，并向国家安全生产监督管总局进行了备案，为国家发展和改革委员会对水电建设项目核准提供了安全依据。同时，有近十座大中型水电站在开展安全验收评价工作，并即将开展安全设施竣工验收。
自2001年水电行业开展安全预评价至今，水电水利规划设计总院已在水电行业建立了安全“三同时”的完整技术管理体系，并一直指导水电行业的安全“三同时”工作。
根据国家安全生产监督管理总局《关于做好机械、轻工、纺织、烟草、电力和贸易等行业建设项目安全设施竣工验收工作的通知》（安监总管二字[2005]34号）有关要求，国家安全生产监督管理总局委托的水电、风电等建设项目的安全设施竣工验收具体工作，水电水利规划设计总院决定设立水电、风电安全设施竣工验收办公室。
水电水利规划设计总院安全验收办
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